自己入昆仑山继续修行，道号广成子，不再理会人间事物，炎帝在位初期尚能治理人间，六道生灵也各循其道，数百年后，炎帝末世子孙，已经不能统御人间七十二部族，各个部族间从和平到对立，发生战争及冲突，末世的炎帝都无法制止，深感自己不孝，不能传承先辈之志。
因为发现华夏部落的首领姬，轩辕氏才华出众，统御一方治理有佳，七十二部族中的小弱，祈愿和平者纷纷前往依附，由华夏部落保护他们的安全，眼见天下大部分部族，都往归轩辕氏，炎帝于是在阪泉之野，上告于天，下祭于地，中令于人，将天下授予华夏轩辕氏，以代神农氏成为人间之主。
轩辕氏姬，以土德之瑞，故称黄帝以代神农火德炎帝，拜天神祭地鬼，书告昆仑，然后传檄天下，以令人间七十二部族，虽然大部分部族早已经归心华夏轩辕氏，但是也不乏反对黄帝者，其中以魔族改易的九黎部族为甚，魔族自从魔尊消失后，其部族归入人间。
联结七十二部族中志同道合者，合称九黎部族，其部落中又分割出苗族、瑶族和黎族，史称三魔，其中苗族以大巫师为首领，瑶族以大祭司为首领，黎族以大长老为首领，除去苗族外，瑶族和黎族各有一王，号魔界左右尊者，他们分别为瑶族右尊魔灵，黎族左尊蚩尤。
魔族虽然改易为九黎，并入人间之中，但从未一改昔日的野心，眼见神农氏炎帝日衰，于是四处侵犯部族，伺机制造混乱，动摇七十二部族以及人间安定的根基，当看到轩辕氏一直在企图安定各个部族，天下人心纷纷依附，九黎魔族早就对其心存愤怒，一得到黄帝登位的诏书，立刻从南方起兵造反。
九黎部族三魔的大军，浩浩荡荡一路入侵中原，沿途的各个部族，要么归顺要么被覆灭，不过大部分部族都逃亡到华夏部落寻求庇护，除去九黎魔族，还有就是东夷妖族，妖皇见魔族纳入人间，于是也不出面，隐遁起来藏于幕后，将妖族一分为九，稀释权力下放限制，在妖族中的各个部族整合。
设立妖族九王，史称九妖，分别宇文氏、拓跋氏和慕容氏，此三姓氏中，皆是人之灵所妖化，然后是禽王、兽王和海王，此三王御下，都是飞禽走兽和水族之灵妖化，还有就是自然王、木灵王和石灵王，他们统御的主要是风雨雷电，花草树木，土石矿物等妖化成精者，妖皇眼见天下又乱，于是暗中操控九妖，示好魔族从北边出兵策应。
随着魔界大军在蚩尤的带领下，一路大捷兵锋直指中原，妖族九王送来联合盟书，愿意尊奉蚩尤为天下之主，人间帝王，而魔界内部也因为妖族盟书，和蚩尤的威望勇猛，将其推举出来，魔界左尊蚩尤一时成为三魔领袖，这一时间天下大乱，波及六道生灵，不亚于洪荒之乱，人间七十二部族，皆受其害，所以史称后洪荒之乱。
因为妖魔南北两路夹攻，胡夏部族独力难支，黄帝一面派遣大将军力牧，带军北上抵御妖族入侵，然后亲自统军南下与蚩尤激战，但是出师不利九战九负，一直退到涿鹿，收集败兵坚守，此时国相风后听闻战事不利，从国都有熊率领援军前来。
人魔两军于涿鹿之郊，摆下数十万军阵对峙，双方互有胜负不分上下，而生灵却是死伤惨重，枕尸千里血流成河，神仙两界不忍六道生灵涂炭，天下苍生受苦，上仙东王公、散仙赤松子相继出世，广成子更为自己禅让之事深感愧疚，斥责是自己造成这场灾难，于是亲自前往神界，向天帝借取神界至宝，银白黄金神剑。
天帝便派遣九天玄女，带着银白黄金神剑，下馈于轩辕黄帝，而黄帝感承天命，神仙两界皆出世助益，随即召集人间七十二部族各首领，设高台，祭天地，在人魔两军阵前，从九天玄女手中接过银白黄金神剑，然后改名为轩辕剑，以寓意天命所归，轩辕氏当为天下之主，人间帝君。
魔族大军顿时军心溃散，蚩尤眼见不妙，以求速战速决，立刻纠集大军冲锋，做最后的决一死战，加上蚩尤部下有八十一卫士，他们个个铜皮铁骨刀枪不入，不死不灭，而且狂暴凶残，作为先锋杀入黄帝营阵之中，无人可挡所向披靡，华夏军队有后退之势。
黄帝拜授轩辕剑时，高台之上还有广成子、赤松子、东王公、九天玄女等上界神仙，黄帝不敢独断，于是向他们请教，九天玄女说道：轩辕黄帝承受天命，拜授神界至宝，何不当着天下人之面一试锋芒？随即黄帝亲自持轩辕剑出阵，国相风后紧随其后，轩辕剑不愧是神界至宝，伏羲的佩剑。
蚩尤八十一卫士尽数被黄帝斩杀，蚩尤见后大怒，手持战斧就要亲自上前搏杀，黎族长老拦住他，说道：神仙两界相助轩辕，天命当属人族不在魔族，魔尊还请顾念魔族大业暂避锋芒，此时瑶族右尊魔灵正在旁边，冷言道：三魔大军一路所向披靡兵锋直指中原，如今天下大事在此一战而定，人间九州唾手可得。
而长老却劝说魔尊撤退，如此动摇军心其人可诛也，瑶族祭司也在一旁鼓吹，说道：我三魔久居荒域，至高盖一王而已，如今妖族主动归顺，就是仰望左尊能够平定天下，使得妖魔崛起，而非荒域之王，一朝得以称帝也，蚩尤有些犹豫不决，便将目光投向了苗族巫师。
巫师望向众人，再看周围部下，说道：自地神帝君禅让以来，神农氏炎帝日衰，不能统御天下而将帝位再让轩辕，盖此天命转变之时，正是九州社稷正主将成之机，我三魔的确有此机遇，不过神仙已然站在了人界一边，我们的机会微乎其微，妖族虽然送来盟书，不过其诚意尚未可知。
蚩尤道：妖魔两界素来为神仙人鬼所排斥，想要他们站在我们一边是不可能的事情，也只有我们妖魔能够精诚团结，这一战的确是千古不遇的机会，上古神魔之战未分胜负，我魔界就只能偏居荒域，如今人魔之战，若是再败何有我魔界立足之地，于是蚩尤持战斧，不顾黎族长老阻止，毅然出战。
轩辕黄帝手持轩辕剑，早已经扭转局势，三魔军队大败，蚩尤独自持战斧大战黄帝，那蚩尤身穿兽皮，高九尺头生犄角，鹰眉倒立，凶神恶煞，持战斧直冲而来，而黄帝与之相比就文弱的多，他一身黄金锁子甲，剑眉英目，气势丝毫不下于蚩尤，黄帝虽然得轩辕剑，但是未能用出其全部威力。
而蚩尤一身魔功，从魔域深渊中习来，自是盖黄帝一筹，不过魔界自黑曜石之灵魔尊消失后，再无像他一样魔法高强者，所以蚩尤也渐渐不敌手持轩辕剑的黄帝，就在此时风后已经带军完全击溃魔族外围军阵，后阵的魔族大军躁动异常，而蚩尤又眼见不敌于黄帝。
黎族长老叫道：大军奋力向前一搏，定要誓死保卫魔尊，瑶族右尊魔灵冷笑道：魔军大败已经成定局，你莫不是要陪上整个魔族的性命，与你家魔族陪葬，此时瑶族祭司随即叫道：大军听令，前队变后队，徐徐撤退，黎族长老怒道：要退你们退，黎族大军听命出击，于是他亲自率领黎族魔军，前往救援蚩尤。