白云寺自清乾隆二十四年（1759）起，即由佛教临济宗掌教。临济宗是中国佛教历史上的一个宗派，它源于佛教禅宗。嘉庆二年重修山门时，山门额刻“白云禅院”，可为佐证。
佛教之禅宗创建于南北朝时期，以印度来的高僧菩提达摩为始祖。传至唐朝，禅宗才真正兴盛起来。当时其第五代祖师弘忍的两个弟子神秀和慧能，又分别宣教于江北江南，后人称为“北禅”和“南禅”。因他们分别主张“渐修”和“顿修”两种不同的修行观，所以人们又称北禅为渐禅，称南禅为顿禅，即“北渐南顿”。唐以后顿禅独盛，并分成五个支派，即：临济宗、曹洞宗、雪山宗、沩仰宗、法银宗。临济宗后来又分出黄龙派和杨岐派，总称禅宗的“五家七宗”。宋以后，中国佛教几乎成为禅宗的天下，临济宗和曹洞宗尤盛。禅宗的哲学思想等还旁及儒家，宋代及明代的“理学”，即儒家和禅宗哲学结合而成的新思想。临济宗等禅宗佛教，到清朝初年就逐渐衰落了，但临济宗和曹洞宗都传到了日本国，如南宋时期的道隆禅师（1213—1278）于淳祐六年（1246），率弟子数人前往东瀛传法，成为日本临济宗建长寺派的创始人，使临济宗成为日本佛教的主流宗派之一，至今仍很兴旺。
清乾隆二十四年（1759）四月，有一位明远禅师住锡于白云寺，成为白云寺佛教临济宗的“开山第一代大和尚”。明远禅师是山西平定县人，生而颖悟，长而性聪，是临济正宗第三十七世传人。明远到来以前，白云寺十分荒凉，多年无僧住持。由于明远佛教造诣很深，颇受百姓绅士尊重，所以在他整修寺院时，连当时的平遥知县李在田（河南武涉县拔贡，乾隆二十二年至二十八年，即1757年至1763年任平遥知县）也捐俸相助，并动员士绅们捐输，使白云寺修葺一新，顺利开山。
明远禅师为了能使临济宗长久地在白云寺弘扬传流，一开始就注意从严治寺。首先在他担任监院的师弟宏道的协助下，建立了寺内清规戒律，并定寺院管理规式为“十方丛林”体制，这是唐宋以来大寺院的一种常用体制，也称“十方”、“丛林”。其规定寺院财产为全寺僧人共有，任何人不得随意买卖，住持僧人也不例外。在寺内可开堂传戒，但不得把寺院降为一些小寺庙实行的“子孙丛林”，即师徒子孙相传的那种寺院体制，也称“子孙寺院”（那里的寺产都归主持支配）。“十方丛林”体制又分“传法丛林”和“选贤丛林”两种，“传法丛林”是住持僧有若干传法弟子，届时从这些法徒中选一人继任住持之位。“选贤丛林”之住持继任，则采用在寺内众僧中选贤的方式，有严格的选举程序和规定。“选贤丛林”还规定住持任职有期，一般不许终身任职，任期为六年，住持的进退都须履行规定的手续。相比之下，“选贤丛林”是一种相对民主和开明的制度，有利于僧人积极进取和佛教寺院的兴旺发达。现存乾隆二十九年（1764）《白云寺增修楼阁禅室开设丛林碑记》上还在文后特别注明“永远不许剃度子孙”，可见明远要在白云寺永久实行“十方丛林”制的决心。
明远禅师在白云寺实行的是“选贤丛林”，并率先垂范，带头实施。乾隆三十一年（1766），明远任住持期满，为能使选贤之路顺利通达，他不顾全寺僧人的苦苦挽留，面对大家不愿开选的局面，明远宁肯使“住持方丈”一位空虚，也不连任，毅然应邀前往晋阳红土沟寺院就职。在此情况下，众僧才推举明远之法弟宏道禅师继任住持之位。宏道也为第三十七世，以后顺选继位者有亮濬（三十八世）、映明（三十七世）、潜德（三十八世）、一庵（三十八世）、含真（三十九世）、道清（四十世）、宗伟（四十一世）等。
明远禅师的创业精神及高风亮节，白云寺历代诸僧推崇备至，在他圆寂之后，虽因他早已离寺而未能在白云寺建塔瘗埋，但众僧请高手绘得明远禅师“遗颜”，悬于禅堂，早晚虔诚参拜。许多文人墨客来游时，瞻仰遗颜，也多有感叹，纷纷赋诗赞颂。现存嘉庆元年（1796）仲秋时节，绵山刘泽渊、三秦杜腾蛟、定阳孟大愚等五位游客所赋的七律五首，由刘泽渊先赋，然后其馀四位皆以原韵相和，文采斐然。
佛教禅宗（含临济宗）的寺院组织管理制度别有特色，仿照朝廷“文武两班”的方式，将各执事僧人分为东、西“两序”。在告香上堂时，居住持左侧的为“西序”，居右侧的为“东序”。
“东序”要选择精通世事的僧人任职，分设“东序六知事”。即“都寺”负责寺内总务；“监寺”协助都寺监理寺内总务；“副寺”负责寺内财务；“维那”负责僧众杂务；“典座”负责寺院伙食寝居；“直岁”负责寺田耕耘及寺院修缮。
“西序”要挑选学德兼修、精通礼仪的僧人担任，设“西序六头首”，即“首座”统管全寺僧众；“书记”负责文秘事务；“知藏”负责经籍文献保管；“知客”负责接待宾客；“知浴”负责寺院沐浴室；“知殿”负责佛殿佛堂的香火及清洁。禅院的“两序”管理制度，使各种事务都有人负责，分工明细，责任到头，较为先进。同样，“两序”各职务也有任期，经常根据需要而调动，宏道、映明、亮濬、潜德等历任住持，都曾在“两序”岗位上任职，具有寺院中层实践管理经验，然后才被“选贤”而晋升为住持。住持“退座”后也可再担任“两序”执事，例如亮濬禅师于乾隆末年退座以后，又为接其住持宝座的法弟潜德禅师担任“东序”之首席“都寺”，这种能上能下、不计名位的风度，真正体现了出家人“四大皆空”的宗旨，比起一些久居官位而能上不能下的凡夫俗子来，倒更令人敬佩。
白云寺的佛教临济正宗，于临济宗在全国范围内日渐衰落之际，仍能坚持弘扬流传，在白云寺延绵不断，直至清光绪二十一年（1895）的“玉山禅师行状”碑中，可看到白云寺仍由临济正宗掌院，精神可嘉。现存于寺内大量的碑碣文字资料，为我们研究中国佛教史，特别是研究临济正宗，提供了许多宝贵的资料。如能邀请日本佛教界高僧前来共同探讨，将对进一步挖掘白云寺佛教文化内涵和开发旅游资源，有更多的裨益。