水中动力师不同于陆地作战部队，：所以机动战士编制也有所不同，机动战士编制：水中动力师：配置如下。

第一机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第二机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第三机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第四机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第五机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第六机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第七机动潜艇舰队：共有尤康级ms潜艇二十艘，卡特级ms潜艇十艘，魔鲨级ms潜艇五艘，剑鱼级ms潜艇一艘，普罗伯级侦察潜艇十艘。

第八水上舰队：白令级ms运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

第九水上舰队：白令级ms运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

第十水上舰队：白令级ms运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

第十一水上舰队：白令级ms运输舰五艘，基洛夫级巡洋舰七艘，丹尼斯级驱逐舰十五艘，斯坦级护卫舰二十艘，卡克拉级航母三艘。

第十二运输潜艇舰队：皮尔卡丹级运输潜艇二十艘，尔康级运输潜艇十艘，康纳级运输潜艇四艘，普罗伯级侦察潜艇五艘。

第十三运输潜艇舰队：皮尔卡丹级运输潜艇二十艘，尔康级运输潜艇十艘，康纳级运输潜艇四艘，普罗伯级侦察潜艇五艘。

海军陆战队：共五个旅，每旅拥有坦克营跟四个陆战机动营，每旅5500人。