不久之后，武藏杀死了吉田一家。在大火中，吉田寅彦的小儿子吉田四郎站了起来，他整个人如同燃烧的火焰一般：

“武藏，我会找你报仇的！”

为了找武藏报仇，吉田四郎跟在他身后进入了美国。而这时，萨诺斯的手下和变形金刚们也相继抵达了地球，成功登陆了黄石公园。变形金刚们很快离开了原地，而萨诺斯的手下则一路杀出了军队的重重包围，最终消失在了军方的视线中。

吉田四郎接触到了同样可以变身烈焰的约翰尼，然而两人性格不符，前者是喜欢电子游戏的半宅男，后者是经常流连于各种party的花花公子，所以最终二人还是分道扬镳了。

武藏遇到了霸王龙勇士等人，并被霸王龙勇士等人改造成了变形金刚。

博派和狂派最终还是打了一场，英雄们也纷纷登场，最终整个大苹果市被毁于一旦，重建后的大苹果市被重新命名为“新城”。在战斗中，武藏被吉田四郎打败，他终于明白了自己所犯下的错误，在忏悔中，光明的力量从他体内涌出，一对翅膀在他身后展开。武藏决定利用自己的力量去惩恶锄奸，维护正义。于是他加入了由马特组建的地球守护者组织，并成立了一个地球守护者的下属机构黑衣人，也就是mib。黑衣人专门负责监督博派变形金刚们在地球上的所作所为，后来扩展到了负责监督所有来地球旅游的外星人，一旦有外星人试图图谋不轨，就会被身穿黑色西装的特警歼灭。

萨诺斯的手下目睹了这一场战斗，并决定低调行事。他们找到了萨诺斯需要的东西，被埋在了气的发源地千佛之国的首都开挂市市中心地下深处的一尊金佛，在他们挖出金佛的那一刻，金佛睁开了眼睛：

“阿弥陀佛！善哉善哉！”

在一刹那之间，如来杀死了所有的萨诺斯派出的手下。萨诺斯感应到了手下的死亡，他看向地球，并看到了如来：

“你是我的！”

如来摇了摇头：

“施主着相了。”

萨诺斯哈哈大笑：

“没想到我要找的东西竟然会有自己的意识！但是最终我会吞噬了你，用你来使我变得更加强大！你终将会成为我伟大的躯体的一部分的！那一天，我将君临整个世界！”

如来闭上了眼睛，将死于萨诺斯的手下的手下的人复活了，这些人跪伏在地上，成为了如来的信徒，并被如来赋予了金身罗汉之身。三千金身罗汉立于如来身侧，如来睁开眼睛：

“那厮尽管来，贫僧绝不逃跑。”