转战数年，吴三桂大败，郑经孤军难支，复退回台湾。

这一次战败对郑经打击不小，然皇上并未盛怒挥军乘胜追击，而是又命福建总督姚启圣派副将黄朝用赶赴台湾与其谈和。

怎料郑经又提出：“请照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡，奉朝廷正朔，受朝廷封爵。”

而皇上如何又能允许他以台湾自比高丽、琉球？

于是只草草回复一句：“台湾人皆闽人，不得与琉球、高丽比。”

至此，谈判无果，皇上盛怒不减，在得知郑经死讯后，有闻听其子郑克臧荒淫无道，为祸百姓，致使台湾子民处于水深火热之中。

终在康熙二是二年六月十四日这一日忍无可忍，命施琅督率水军由铜山出发。

在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山启航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。这样就可获得船队的锚泊地和进攻出发地，占据上风上流的有利位置向澎湖发起攻击。

攻下澎湖，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾，可顺利实施“因剿寓抚“的战略方针。

六月十六日，清军舰队向澎湖郑军发动第一次进攻，初战失利。

施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。

施琅将清军分为四部分:施琅亲率五十六只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫;总兵陈蟒等率领由五十只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫;总兵董义等统率另五十只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军;其余八十只战船作为预备队，随主攻部队跟进。

十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。

至此，此战已然大获全胜，只见着郑氏抱头鼠窜，垂死挣扎。