此过程实施顺利，因而并未处理任何人，淳于越等还是好好地当博士，并受到始皇帝安抚，鼓励其今后继续大胆直言。始皇帝和李斯虽为人果断坚毅，但仍有自知之明，知晓只有了解他人包括反对者的真实想法，才能做出正确的决策。正如此次事件，如果不是从淳于越等人口中得知一些人的真实想法，也无法针对性地采取统一思想之策来进行应对。

次年，发生了一件更为惊骇的大事。

侯生卢生二人，被人引荐进入咸阳宫后，以其高超的见（忽）解（悠），为始皇帝所重。始皇帝除了经常面对面请教仙道之外，还屡屡表现出求药之意愿。二生在无可奈何之下，向始皇帝提出了许多物质上的要求，并保证一年成丹，可令人举霞飞升。

至今时间已不足三月，二生心急如焚。恰在此时，始皇帝因身边有人泄露其言语给丞相李斯，大怒，将当日在场诸人尽数处死。

二人更是惶恐，知晓若是届时不能拿出仙药，或者仙药不具备当初承诺之功效，二人必死无疑。遂相商逃离。

侯卢二生得始皇帝重视，出入禁宫并无阻碍，且轻易而得通行天下之文牒，逃走不难。然而，二生酸腐虚伪，为表示不是自己炼不出仙药，就在咸阳城中以重金串连一些不得志的方士，散布始皇帝虚伪不德、以刑杀为威、贪恋权势诸语，言其德“未可为求仙药”。侯卢二生一夜腾达为众方士所知，被这些方士视为得宠的不二法门，许多人一直留在咸阳中碰运气，但长期未能得到好处，早对始皇帝有了怨言，于是受二生重金，在相约时间散布流言。

侯卢二生走后，始皇帝命御史追系二人。待流言传开，始皇大怒。

“朕原本用心厚待，未想此二人如此腹黑，诽谤于我。我虽求仙，但徐市费厚而效薄，我何时曾责于尔等？今诽谤于我，示我无德，孰不可忍。”

始皇命御史将传出流言的诸生系案而问，经审讯，共有460人与此流言有关，经廷尉再审无误，始皇帝令将460人皆坑杀于咸阳。

离轩在案问众生后，即向始皇帝报告此事，建议只杀受侯卢二生重金之数人，其余人等不再追究。始皇不许。

离轩告知扶苏，扶苏急谏始皇：“如今天下初定，还需以德取信于民，诸生虽妖言以乱黔首，但毕竟以孔门自居，若全杀了，恐遭天下非议。”

始皇大笑道：“朕之功过德行，何需天下议之。汝不必多言。”

扶苏道：“陛下三思，若尽杀诸生于咸阳，岂非为侯卢二生指陛下无德证之？”

这是直指始皇此举无德了，始皇大怒，拂袖让扶苏退下。次日下旨，令扶苏至西北蒙恬军中监军。

离轩为扶苏送行，见扶苏忧心忡忡，知晓扶苏至孝，为自己触怒始皇而忧，劝慰道：“陛下使公子监军，虽是远离朝廷，实是对公子厚爱，并未不满于公子，勿须忧心。”

扶苏不解，离轩道：“蒙恬三十万边军，乃大秦精锐之师，尤甚于赵佗六十万大军。公子未有从军之履历，陛下此举，乃是令公子掌控大秦精锐，以利于日后……”始皇尚在人世，离轩不便明指，此为大逆不道，是以及时住口。

不过，扶苏听懂了其言，知晓始皇并未真正对自己不满，稍稍心安，一路北上。未料此去两人竟成永别。

连续两年间发生的这两件大事，史上合称焚书坑儒。