倪元璐奏道：“杨维垣又驳臣假借矫激。夫当崔呈秀、魏忠贤之世，人皆任真率性，颂德建祠。使有一人假借矫激，而不颂不建，岂不犹赖是人哉!杨维垣以为真小人，待其‘恶贯满盈’可攻去之，臣以为非计也。必待其‘恶贯满盈’，其败坏天下事已不可胜言，虽攻去之，不已晚乎!即如崔呈秀、魏忠贤，‘恶贯满盈’久矣，不遇圣明天子，谁攻去之?杨维垣终以‘无可奈何’为颂德建祠者解，臣以为非训也。“

依胡子睿看来，如果任由魏忠贤这样继续膨胀下去，他是否会像王莽篡夺汉朝，夺取明朝江山也未可知！

倪元璐指出正是因为有像杨维垣这样的阉党，魏忠贤才得以旋展拳脚，现在正是清理他们的时侯:“假令呈秀一人舞蹈称臣于逆珰，诸臣亦以为‘无可奈何’而从之乎?又令逆珰以兵劫诸臣使从叛逆，诸臣亦靡然从之，以为‘无可奈何’而然乎?杨维垣又言:'今日之忠直，不当以崔呈秀、魏忠贤为对案'，臣谓正当以崔呈秀、魏忠贤为对案也。”

倪元璐借崔呈秀、魏忠贤当一面镜子来鉴别人物：“夫人品试之崔呈秀、魏忠贤而定矣，故有东林之人，为崔呈秀、魏忠贤所恨其抵触、畏其才望而必欲杀之逐之者，此正人也。有攻东林之人，虽为崔呈秀、魏忠贤所借，而劲节不阿，或远或逐者，亦正人也。以崔呈秀、魏忠贤定邪正，犹以明镜别妍媸。杨维垣不取证于此，而安取证哉。“

崇祯皇帝认为倪元璐说得有理，寻进侍讲。倪元璐向崇祯皇帝请命，毁《三朝要典》，言:“梃击、红丸、移宫三议，哄于清流，而《三朝要典》一书，成于逆竖。其议可兼行，其书必当速毁。盖当事起议兴，盈廷互讼。主梃击者力护东宫，争梃击者计安神祖。主红丸者仗义之言，争红丸者原情之论。主移宫者弭变于几先，争移宫者持平于事后。数者各有其是，不可偏非。”

倪元璐指出三案已经变质成为阉党的利器：“总在逆珰未用之先，虽甚水火，不害埙篪，此一局也。既而杨涟二十四罪之疏发，魏广微此辈门户之说兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则借三案。经此二借，而三案全非矣。故凡推慈归孝于先皇，正其颂德称功于义父，又一局也。网已密而犹疑有遗鳞，势已重而或忧其翻局。

崔、魏诸奸始创立私编，标题《要典》，以之批根今日，则众正之党碑;以之免死他年，即上公之铁券。又一局也。由此而观，三案者，天下之公议;《要典》者，魏氏之私书。三案自三案，《要典》自《要典》也。今为金石不刊之论者，诚未深思。臣谓翻即纷嚣，改亦多事，惟有毁之而已。“