天启皇帝果然“投桃报李”，将孙承宗称为天启朝的诸葛亮、裴度；胡子睿知道裴度虽然名气没有诸葛亮那么大，然而他在唐朝人心目中的地位是可与平定安史之乱的郭子仪相比的，裴度曾经在为相的二十多年间，先后推荐过韩愈等名士，重用李愬等名将，平定了吴元济之乱，还保护过大诗人刘禹锡等人，辅助唐宪宗实现了“元和中兴”。

天启皇帝下诏发给孙承宗关防敕书，以原官督山海关及蓟、辽、天津、登、莱诸处军务，便宜行事，不从中制，而以阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗乃辟职方主事鹿善继、王则古为赞画，请帑金十八万以行。帝特御门临遣，赐尚方剑、坐蟒，阁臣送孙承宗于崇文门外。

孙承宗至山海关后，于是一反王在晋时淘汰冗员，精兵简政的做法，来了个”新官上任三把火“；孙承宗令总兵江应诏定军制，佥事袁崇焕建营舍，李秉诚练火器，赞画鹿善继、王则古治军储，沈棨、杜应芳缮甲仗、筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程仑主市马，广宁道佥事万有孚主采木，而令游击祖大寿佐金冠于觉华岛，副将陈谏助赵率教于前屯，游击鲁之甲、副将李承先练骑卒，参将杨应乾募辽人为军。

江应诏后来被人弹劾，孙承宗请用马世龙代之，马世龙，字苍元，宁夏人。由世职举武会试，历宣府游击。天启二年擢永平副总兵。孙承宗署兵部时认识他，孙承宗认为马世龙是难得的奇才，于是向天启皇帝推荐马世龙为都督佥事，充三屯营总兵官。

孙承宗出关镇守后，推荐马世龙为山海关总兵，俾领中部，调总兵王世钦、尤世禄分领南北二部。正月间赐尚方剑，实授府衔，天启皇帝皆认可这些计划。孙承宗筑坛拜马世龙为大将，代行授钺礼，军、马、钱、谷尽属之。

孙承宗又命他们分地设防，马世龙居中，驻卫城，王世钦屯南海，尤世禄屯北山，各统兵一万五千人。并受马世龙节制，马世龙感激孙承宗对自己有知遇之恩，颇尽力，与孙承宗定计出守关外诸城。

王在晋任辽东经略时拟用六万人，实用兵五万七千三百三十名，缺二千六百七十名；孙承宗上任后，首要大事就是要弄清楚手下到底有多少兵马，这件事关系到粮饷，马虎不得，于是孙承宗点名让辽东巡抚阎鸣泰负责。