之后木叶丸进入忍者学校，他与乌冬、萌黄为木叶隐忍者学校的同期学员。被分配到惠比寿所带领的班级。

并且，木叶丸与和乌冬、萌黄组成了“木叶丸军团”，经常跟踪鸣人，但每次都被鸣人发现。[4]

大蛇丸发动“毁灭木叶行动”时，第三代火影为了保护木叶而牺牲。木叶丸十分伤心，并且在纲手就任第五代火影之时并不认同纲手，但最后面对纲手超强的实力，因此被迫接受了这个事实。[5]

下忍时期

在第二部中，木叶丸三人已晋升为下忍，成为惠比寿班的成员。一出现则是对鸣人使用“色诱术”，但鸣人说不要玩老一套忍术。鸣人准备表演新色情忍术时被春野樱一拳打飞。

少年时期的木叶丸

叔父猿飞阿斯玛在与“晓”组织的作战中牺牲。在阿斯玛的葬礼上，木叶丸又一次陷入悲痛之中。

当第七班完成击杀飞段、角都的任务后，木叶丸出现，用“色诱术·女女术“向鸣人挑战，这被樱评价为无聊忍术。木叶丸不服气，用了另一个“色诱术·男男术”，就是复制裸体的佐助和佐井。樱流鼻血，鸣人则像被雷电击中一样；而佐井却一脸茫然。

佩恩进攻木叶时，遇到佩恩六道中的地狱道，躲藏，被发觉。惠比寿冲出挡住地狱道，希望木叶丸借此机会逃出，但由于实力差距很快被地狱道捉住。地狱道正要杀掉惠比寿之时，木叶丸冲出并使用鸣人教他的忍术“螺旋丸”击倒了地狱道。

螺旋丸

鸣人准备前往五影会谈的时候，木叶丸前来和鸣人比试色诱术，但却输给了鸣人，木叶丸苦恼何时才能追上鸣人的时候，鸣人对其利用螺旋丸打到地狱道的行为表示赞扬，说他也是木叶的英雄，下次再准备传授木叶丸大玉螺旋丸，木叶丸高兴不已。

第四次忍界大战时期，因为只是下忍所以留在村里，没有参战。第四次忍界大战结束后十几年，木叶丸已经是一名优秀的上忍，受到了无数村民的敬仰。

他已经清楚自己的爷爷三代火影猿飞日斩是一位受到村子众人爱戴的杰出忍者，挺身而出为守护村子而壮烈牺牲。

木叶丸担任博人、佐良娜、巳月三人的老师。

他的学生博人十分捣蛋，经常在火影岩上胡乱涂鸦，令木叶丸很头疼。

七代目火影漩涡鸣人也在心中吐槽木叶丸现在的说话语气越来越像第三代火影了。

在鸣人当上火影的那一天，他的女儿向日葵想带着一只玩具熊猫去参加鸣人就任七代目火影的仪式，但博人因感觉丢人而不同意，结果兄妹在争执之下把玩具熊猫扯成了两半。向日葵在愤怒之下觉醒了白眼，痛击博人。鸣人赶过来劝架，却挨下了向日葵对哥哥的瞬间休克性点穴，一整天都无法醒来。顾问奈良鹿丸最后只好安排猿飞木叶丸变成鸣人的样子，让木叶丸代替鸣人完成了七代目火影就任仪式。