刘邦晚年，宫廷内部发生了一场废立太子的斗争。刘邦要废掉太子刘盈，改立刘邦宠爱的戚姬的儿子赵王刘如意为太子。只是由于萧何、张良等大臣的多次诤谏，刘邦才一直未作决定。

汉十二年（公元前195年）四月二十五日，刘邦病逝于长乐宫，享年62岁。

同年，太子刘盈即位，是为惠帝。萧何继任丞相。不过这时，萧何年事已高。这期间，萧何在“约法三章”的基础上，参照秦法，摘取其中合乎当时社会情况的内容，制定了律法共九章。这是汉朝制作律令的开端。

萧何制定的汉律九章，删除了秦法的苛繁、严酷，使法令更为明简。

公元前193年，年迈的萧何，由于常年为汉室操劳，终于卧病不起。病危之际，汉惠帝亲自前往探望，并趁机询问：

“丞相百年之后，谁可代之？”

接着惠帝又问：“曹参如何？”

萧何听了，竟挣扎起病体，向惠帝叩头，道：“陛下能得到曹参为相，我萧何即使死了，也没有什么遗恨了!”谥文终侯。娶妻甘氏，封一品夫人，后袭封为酂侯，生子三，长子萧禄，次子萧同，幼子萧延。