6500万年前，在太阳的伴星复仇星上，诞生了一个恶魔，妄图占领太阳系以及周边空间。 来自河外星系的神秘空间的创世神降临于地球，在地月系展开决战。纷纷扰扰的战争，同时，也在8000年前出现了，传说中的众神器与特别领域的王者云集。 时至现代，那个恶魔再次苏醒，同时发现了人类发达的通讯设备而加大了Digimon World的存在感，决定进攻数码宝贝世界。同时被选召的孩子再一次承担起拯救现实世界和数码世