柯南与黑组织的较量一直都在持续着。只因为一个装有窃听器的口香糖，柯南再一次与他们有了交集。三份寄给工藤新一的匿名信分别被小兰、服部、快斗收到了，这封信逼得柯南不得不离开小兰和大家，他决定孤军奋战。一栋房子的焚烧，让柯南看到了和灰原一样的一个灰原，不得已只能与赶来东京帮忙的服部合作。灰原被抓，小兰爱上了别人，柯南陷入困境，必须以新一的身份出现。。。。。。